根据您提供的日志信息，leapsecond file /usr/share/zoneinfo/leap-seconds.list 已经过期。这个文件用于 ntpd 来调整时间，以便在闰秒发生时能够正确处理。

要解决这个问题，您可以尝试以下几种方法：

1. 更新 tzdata 包：
   在 Ubuntu 或类似的 Linux 发行版中，可以通过更新 tzdata 包来更新 leap-seconds.list 文件。您可以使用以下命令来更新：

   sudo apt-get update
   sudo apt-get install tzdata

   更新后，检查 /usr/share/zoneinfo/leap-seconds.list 文件的到期日期，确保它已经更新到一个未来的日期。

2. 手动更新 leap-seconds.list 文件：
   您可以使用 update-leap 工具来手动更新 leap-seconds.list 文件。首先，确保您有必要的依赖项，然后运行：

   sudo update-leap

   如果遇到依赖问题，可能需要安装 Net::SSLeay 模块。

3. 使用 ntpleapfetch 工具：
   这个工具可以验证并更新 leap-seconds.list 文件。您可以使用以下命令：

   sudo ntpleapfetch

   这个工具会检查当前文件的有效性，并在需要时下载并安装新的文件

报错：

update-leap
No leapfile directive in /etc/ntp.conf; leapfile location not known

update-leap 命令提示没有在 /etc/ntp.conf 中找到 leapfile 指令，因此无法确定闰秒文件的位置。要解决这个问题，您需要在 ntp.conf 文件中添加 leapfile 指令，并指定闰秒文件的路径。
以下是具体步骤：

1. 编辑 ntp.conf 文件：
   打开 /etc/ntp.conf 文件进行编辑：

   sudo nano /etc/ntp.conf

   在文件中添加以下行，指定闰秒文件的路径（例如将其放在 /var/lib/ntp/ 目录下）：

   leapfile /var/lib/ntp/leap-seconds.list

   保存并关闭文件。

2. 下载闰秒文件：
   确保闰秒文件存在于指定的路径。您可以从 IETF 或其他可信源下载最新的 leap-seconds.list 文件：

   sudo wget -O /var/lib/ntp/leap-seconds.list https://data.iana.org/time-zones/data/leap-seconds.list

3. 重启 NTP 服务：
   保存配置更改后，重启 ntpd 服务以应用新的配置：

   sudo systemctl restart ntp

4. 验证配置：
   使用 ntptime 命令检查当前的闰秒信息：

   ntptime

   确保输出中显示了正确的闰秒信息。
   通过以上步骤，您应该能够解决 leapfile 指令缺失的问题，并确保 ntpd 正常处理闰秒信息。